通关口袋妖怪火红主线剧情后，玩家可以解锁一系列额外的收集任务，这些任务主要集中在图鉴升级、岛屿探索和神兽捕捉等方面。完成四大天王挑战后，系统会提示玩家返回真新镇，若已收集60种以上宝可梦，大木博士会将图鉴升级为全国图鉴，这是开启后续内容的关键前提。升级后的图鉴会显示更多未收录的宝可梦信息，包括部分需要通过特殊方式获取的稀有种类。
通关后最重要的收集任务是前往七岛地区探索。在枯叶市港口使用船票可抵达1号岛，这里隐藏着火焰山山洞等新场景。山洞深处需要利用秘传机04的怪力技能推开岩石，最终能获得红宝石并遭遇火焰鸟。返回1号岛的宝可梦中心将红宝石交给研究员，可解锁前往其他岛屿的权限。这些岛屿分布着不同的生态环境，例如4号岛的冰洞需要秘传机07攀瀑才能进入，内部藏有急冻鸟等传说宝可梦。
除了三圣鸟外，玩家还可在特定地点遭遇超梦、梦幻等幻之宝可梦。例如超梦位于华蓝洞窟最深处，需要先完成岛屿任务获得特殊道具才能进入。部分宝可梦如化石翼龙和镰刀盔，需要通过复活化石获得，这些化石分布在月见山和岛屿地区的隐藏点位。某些宝可梦仅能在特定时间段或天气条件下出现，需要反复探索才能触发。
例如5号岛能获得波克比的蛋，孵化后可丰富图鉴；彩虹市游戏厅兑换的代币能换取技能机器；紫苑镇的宝可梦塔顶层隐藏着幽灵系宝可梦。击败训练师塔的强者可获得稀有道具，这些内容虽非强制，但能显著提升收集完成度。所有收集任务最终服务于图鉴全收录目标，部分宝可梦需通过联机交换进化，这也是设计上的关键环节。
口袋妖怪火红通关后的收集体系具有明确的层次性。从基础图鉴扩充到传说宝可梦捕捉，再到隐藏道具获取，每个阶段都需要玩家综合运用战斗、解谜和探索能力。虽然部分任务存在重复操作，但循序渐进的难度曲线和多样化的收集方式，仍能提供持续数十小时的游玩内容。
