二周目开始时，老爸会送一张船票，记得先选红色欧斯来定点，这样就能在亚斯全图自由飞行了。接着博士会来找你，帮你升级图鉴为全国版，这时候就能用通信交换功能抓芳缘地区的精灵啦。不过要注意梦幻地区不能通信，别白跑一趟。完成这些基础准备后，建议先去水静市乘船，遇到亚希达拿到第二张船票，直奔对战开拓区。到了之后用卡片查看设施位置，优先挑战对战塔，打完单打还有双打和多人战，记得别中途休息，否则容易翻车。
对战开拓区的挑战是二周目核心内容，打完四次关卡会遇到Wodan，战胜它能拿到15个对站点和银象征。巨蛋相对简单，因为能看到对手精灵，提前调整阵容就行。对战工厂比较特别，要从六只精灵里选三只参赛，首轮全是神兽队，如果有噩梦神必选。打到第五和七轮会遇到场长，建议提前存档，等精灵强度够再挑战。别忘了收集点数兑换奖励，这些资源对后期很重要。
探索隐藏要素能大幅提升体验，比如天空之柱的走法：从131航道缺口游进去，看到右边有小岛时上岸，洞口往上走就能到达。这里藏着烈空坐，但需要先通关四天王才能触发剧情。另外记得去石之洞窟拿化石，左边选根状化石或右边选爪子化石奖励相同，交给化石老头能换贵重骨头。凯那市的支线巨大入侵者奖励吼鲸王道具，但探索次数消耗多，建议优先做任务一。
战斗策略方面，二周目敌人强度明显提升，推荐培养抗性高的精灵。比如钢系抗性全面，搭配电系或火系技能能应对多数情况。资源管理也很关键，多刷对战设施赚点数换稀有道具，比如技能机或进化石。如果遇到打不过的神兽队，别硬刚，先存档练级再回来。最后记得定期和NPC对话，有些支线会送实用道具，比如星星碎片或速度药剂。
