通关一周目后，咱们会从自家门前重新开始冒险。这时候大木博士会主动找上门来，如果已经收集了60种以上的宝可梦，他会帮忙把图鉴升级成全国图鉴模式。记得先去研究所完成这个重要步骤，之后就能在二周目遇到更多种类的宝可梦了。升级完图鉴后别急着挑战四天王，因为冰系天王科拿出去旅游了，暂时没法打。
接下来要从枯叶市坐船前往一之岛，在岛上的网络中心会遇到之前见过的NPC，得知修复机器需要红宝石。这时候咱们得去灯火山探险，在右边会遇到两个火箭队残党，打败他们后进入山洞深处能找到红宝石。把红宝石交给网络中心的NPC后，他会让咱们继续寻找蓝宝石，并给了一张七岛船票，这样就能自由往返各个岛屿了。
拿到船票后建议先去四之岛，在那里会遇到劲敌小茂但不会对战。岛上可以找到科拿的家，从右边冲浪进入冰洞，学会攀瀑术后就能继续探索。在洞穴深处会发现科拿正在和火箭队战斗，帮忙解决敌人后会得知他们的下一个目标是五之岛的火箭队仓库。这时候咱们要去六之岛，在标记森林和水路附近探索，最后在一个需要居合斩开门的洞穴里找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下火箭队仓库的密码。
带着密码回到五之岛的火箭队仓库，击败里面的成员后就能拿回蓝宝石。记得把蓝宝石带回一之岛的网络中心，这样就能完成通讯设备的修复工作。最后可以去七之岛挑战训练师之塔提升实力，或者在遗迹里捕捉未知图腾。如果之前没抓到三神鸟，现在正是好时机：闪电鸟在无人发电厂，火焰鸟在灯火山顶层，急冻鸟在双子岛最深处。全部准备妥当后，就能去华蓝洞窟挑战70级的超梦了。
整个二周目的流程比一周目更加自由，重点在于探索七个岛屿和完成宝石任务。记得随时存档，多带些恢复道具，队伍里最好有会碎岩、居合斩等秘传技能的宝可梦。二周目结束后游戏不会真正完结，咱们可以继续收集图鉴或者挑战更强大的训练师。
