占领敌方城市后需要妥善处理才能最大化战略收益。占领城市的关键步骤包括使用近战单位完成最终占领动作，远程单位无法直接占领城市。城市被攻占后会出现忠诚度问题，若处理不当可能导致城市叛乱或独立。占领后需立即评估城市价值，决定保留、交易或摧毁。保留城市需承担管理成本，但能扩大领土；交易给其他文明可换取资源；摧毁则能避免长期负担但会损失潜在收益。
被占领城市的忠诚度管理是首要任务。城市初始忠诚度通常较低，若周边有其他文明施压，可能快速下降并引发叛乱。可通过驻扎单位、修建驻军建筑或派遣总督来稳定忠诚度。若城市处于己方文明核心区域，忠诚度压力会自然缓解。宗教同化也能辅助提升忠诚度，让被占领城市更快融入帝国体系。忽视忠诚度管理可能导致前功尽弃，城市重新独立或倒向其他文明。
被占领城市往往存在建筑残缺、区域布局不合理等问题，需优先修复关键基础设施。粮食和住房是初期发展重点，确保人口稳定增长才能恢复生产力。文化产出同样重要，可加速新政策采纳并减少公民不满。战略资源区和特色区域应根据城市定位选择性重建，避免资源浪费。军事型城市可侧重军营和防御设施，经济型城市则优先市场与港口。
外交层面需注意占领行为带来的国际影响。频繁占领城市会积累好战度，引发其他文明谴责或组建反玩家联盟。通过外交谈判割让城市能减少负面影响，或在停战协议中要求对方主动放弃城市所有权。将次要城市交易给中立文明既可换取资源，又能分散对手注意力。宗教和文化手段能辅助巩固占领成果，通过传教或旅游压力削弱原属文明的影响力。
长期管理被占领城市需要平衡投入与产出。核心城市应全力发展，边缘城市则可保持基础运转。叛军镇压和蛮族清剿是常见后续工作，需预留军事单位应对。城市项目选择要符合整体战略，避免同质化建设。总督派遣能显著提升城市效能，特别是拥有降低忠诚度压力的总督技能。若判断某城市难以维持，及时摧毁或交易比勉强保留更有利。
