巴巴罗萨战役是帝国时代2原版中较为经典的战役系列，玩家需要扮演神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世完成统一德意志和征服意大利的目标。该战役包含六关，每关都有不同的战略重点和难点，需要合理运用条顿文明的特色兵种和经济优势。
第一关神圣罗马皇帝的核心任务是收集六个遗迹中的四个。玩家位于地图中央，周围有多个敌对公国，每个公国可能藏有遗迹。建议优先攻击较弱的奥地利或巴伐利亚，快速获取遗迹并建立经济优势。条顿武士和游侠组成的混合部队配合手推炮能有效攻克敌方城堡。遗迹通常位于教堂内，需摧毁教堂才能获取，部分遗迹可能直接暴露在地图上。
第二关猛狮亨利开始时玩家没有村民和城镇中心，需依赖盟友萨克森和巴伐利亚提供资源。关键点在于应对亨利狮子的叛变，叛变发生后需立即调转兵力消灭橙色势力。地图左上角关押着几名村民，解救后可以建立自己的经济体系。本关无法升级到帝国时代，因此需在城堡时代组建精锐部队，以条顿武士为主力快速推平波兰的城堡和城镇中心。
第三关教皇的拥护者和反对者需要玩家在两位教皇之间做出选择并支持一方。选择将影响后续发展路径，建议根据当前资源储备决定。支持教皇派可以通过大量生产僧侣进行宗教转化来扩大影响力。本关需注意控制河道，建立海军优势防止敌方渡河袭击。喷火船和战舰的混合编队能有效压制敌方海军。
第四关伦巴第联盟要求玩家在威尼斯、帕多瓦或维罗纳任意一座城市建造奇观。开局基地难以防守，应尽快通过海上撤退至右上方的新根据地。石头资源紧缺，需要通过市场交易获取。条顿武士配合巨弩能有效对抗伦巴第联盟的步兵军团，同时需防范亨利狮子再次叛变。建造奇观前必须完全控制目标城市。
第五关红胡子行军和第六关沉睡的国王需要运用条顿文明的防御优势，建立城堡防线逐步推进。海军控制尤为关键，需优先消灭敌方船坞和渔船。最终关卡可通过快速突袭战术在限定时间内完成任务，避免陷入持久消耗战。
