武器系统是决定战斗风格和战术执行的核心要素，主要分为粒子炮、激光炮、导弹和磁轨炮四大类型。每种武器在伤害输出、射程、能耗和适用场景上存在显著差异，玩家需根据舰船特性、战斗需求和个人操作习惯进行选择。粒子炮以近战爆发见长，激光炮擅长高伤点杀，导弹具备灵活的多目标追踪能力，而磁轨炮则是远程风筝战术的首选。
粒子炮的突出优势在于极高的每秒伤害和暴击率，尤其适合近距离快速歼灭目标。其射速快、伤害类型以电磁能为主，但射程较短且功率需求高，对舰船装配提出较大挑战。晨曦经合体的高机动性舰船与粒子炮搭配能最大化近战优势，但需注意功率分配问题，避免因超载牺牲其他关键组件。粒子炮的暴击特性使其在短兵相接中具备致命威胁，但若无法快速贴近敌人，其输出效率会大幅降低。
激光炮的单发伤害为全武器之最，且弹道瞬时命中，无需预判目标移动轨迹。这种武器适合追求爆发输出的玩家，尤其在PVP中能通过高伤压制对手心理。激光炮的能耗极高且攻击间隔长，若能量管理不当或遭遇持久战，可能陷入被动。天启帝国的舰船通常搭载激光炮，凭借热能伤害特性对护盾类目标有额外克制效果。激光炮的精准性和高伤特性使其成为点杀高价值目标的理想选择，但需搭配足够的能量恢复装置以维持持续作战能力。
导弹和磁轨炮分别代表了中远程作战的两种思路。导弹的动能与热能混合伤害难以被单一抗性针对，且通过更换弹药可切换远近射程，战术灵活性极强。新欧罗巴联邦的生存型舰船与导弹搭配能形成稳定消耗战体系，但导弹飞行速度较慢，对高速目标的命中率有限。磁轨炮则以超远射程和动能伤害为主，斯瓦罗斯共和国的舰船凭借高功率负载可搭载多门磁轨炮，在团战中担任后排输出角色。磁轨炮的风筝战术对操作要求较高，但其射程优势能在安全距离内持续施压，尤其适合PVE场景中的越级挑战。
武器选择需综合考量阵营专精、舰船属性和战斗场景。粒子炮与高机动舰船组合适合突击战术，激光炮依赖精准的能量管理，导弹需平衡射程与伤害类型，磁轨炮则要求玩家掌握距离控制技巧。实战中不存在绝对最优解，合理搭配舰船装置与组件才能弥补武器短板。粒子炮可加装护盾增强装置以弥补近战风险，磁轨炮搭配抗干扰组件能提升远程输出稳定性。
最终决策应基于个人战斗风格与团队需求。偏好激进战术的玩家可选择粒子炮或激光炮追求速战速决，而擅长策略布局的玩家更适合导弹或磁轨炮的持续压制。武器系统的深度与多样性为第二银河的战斗赋予了高度可玩性，唯有通过实战检验才能找到最适合自己的武器组合。
