清理感染区是游戏的核心玩法之一。每个感染区包含数量不等的巢穴，玩家需要通过火攻方式摧毁这些巢穴。最有效的方法是使用火弩箭，每个煤油可以制作3个火弩箭，而火瓶只能制作1个，因此火弩箭的性价比更高。解锁火焰弩箭需要先解决8个伏击营地。白天清理巢穴更为安全，因为周围的异变者数量较少。
靠近巢穴时会自动标记在地图上，但实际在较远距离就能观察到巢穴的具体位置。摧毁巢穴后会有大量异变者涌出，但玩家无需全部击杀，只需确保巢穴被烧毁即可完成任务。油桶是另一种高效的选择，投掷油桶后射击引爆可以一次性解决巢穴。燃烧瓶虽然效果不错，但资源消耗较大，建议在火弩箭不足时使用。
清理感染区不仅能推进除疫专家剧情线，还能解锁快速传送点。游戏中的感染区和巢穴无需担心遗漏，主线剧情结束后仍可自由探索并清理。需洛斯特湖和火山口湖两个区域在主线完成前会暂时封锁，需剧情结束后才能进入。
利用地形优势，例如高低落差或障碍物，可以延缓异变者的追击。若附近有可引爆物体如燃料桶或油罐车，可提前规划路线将其作为战术支援。清理过程中保持移动，避免被包围，必要时可暂时撤离以重整态势。
武器配置方面，除火弩箭外，远程武器如消音步枪可用于处理零星异变者。近战武器建议选择耐久度较高的斧类，应对突发近身战斗。特殊道具如遥控炸弹可用于制造混乱，但需注意资源分配。
若任务中途失败，巢穴会重新刷新，需再次清理。合理规划资源与路线是高效完成感染区清理的核心策略。
