孤胆枪手2延续了前作的核心玩法，采用俯视角射击模式，玩家将扮演特工角色在充满异形的世界中执行任务。游戏开场主角从飞船跃下，需在半空中躲避敌方炮火约30秒后着陆，随后进入首个任务场景。初始大厅内唯一可通行的大门被能源球封锁，需切换狙击模式击碎能源球才能开启。这种设计奠定了游戏解谜+射击的基础框架，后续关卡均围绕环境互动与战斗展开。
剧情围绕三名主角展开，分别是擅长狙击的凯特、四臂战斗专家马克斯以及擅长道具组合的弗鲁克博士。第二关切换为马克斯视角，其四臂特性允许同时装备多把武器，在足球场般的场景中需消灭所有怪物和生产器才能触发绿灯开门机制。BOSS战设计颇具特色，如球状BOSS需逐个击碎发光眼珠，期间还需躲避球体爆炸的光束伤害。角色切换不仅带来玩法差异，也通过不同视角推进剧情，最终线索汇集到对抗异形入侵的主线。
游戏地图设计强调立体空间利用，移动平台、滑翔翼和喷气背包构成垂直探索要素。第三关博士章节突出道具组合玩法，需用烘干机与铁管制造喷气机，将异形吹入食人草获取毒面包发射机。环境谜题与武器制造系统相辅相成，如封堵漏气管道需使用胶布，而绳子和铁管能组合成梯子跨越障碍。这种机制要求玩家在战斗间隙观察场景细节，合理运用拾取物品。
武器系统包含50余种装备，从基础手枪到黑洞手榴弹各具特色。霰弹枪适合近战清怪，能量武器擅长中距离压制，而发射器类武器可应对突发状况。值得注意的是狙击模式需手动开启，精准射击时需计算弹道下坠和提前量。资源管理尤为重要，弹药补给点分布与隐藏房间探索直接关联通关效率，建议优先提升力量属性扩大携带量。
隐藏要素贯穿全流程，每关均设有多处隐藏房间。第一关控制室后方藏有资金，第二关需击碎特定墙壁获取钥匙，第三关行政办公室内含高级装备。这些隐藏点往往需要反复试探或观察环境细微差异，如红色箭头提示、裂缝墙壁等。探索回报包括稀有武器、升级芯片及资金，对高难度通关具有战略价值。
最终决战前需合理分配角色属性，凯特侧重狙击精度，马克斯优先武器装载量，博士重点提升智力解锁高级合成。BOSS战普遍采用阶段式设计，如异形飞船需先破坏四个能源小球，待核心暴露后集中火力输出。战斗间隙需及时利用场景补给，特别注意自爆虫和喷雾怪等特殊敌人的应对策略，保持移动并善用掩体是生存关键。
