第二银河的主线剧情共分为八个章节，每个章节围绕不同的核心冲突展开，从玩家作为警备队探员的初始任务，逐步揭露源点星域五大势力与神秘外星威胁的纠葛。剧情贯穿人类殖民史、银河议会建立、星际战争等宏大背景，最终指向隐藏在深空的终极谜团。章节推进需完成特定等级和任务链，部分章节会解锁专属故事任务作为补充。
第一章至第三章主要铺垫世界观，玩家将接触新欧罗巴联邦、晨曦经合体等势力的基础矛盾，并通过剿灭海盗、调查异常信号等任务熟悉游戏机制。第四章起剧情转向政治阴谋，天启帝国的宗教扩张与斯瓦罗斯共和国的反抗成为焦点，玩家需在阵营间做出选择以影响部分支线发展。主线任务中舰船爆炸不会导致永久损失，但部分高难度剧情战斗需合理配置武器抗性。
第五章至第七章涉及星际合众国的科技危机与虫洞探索，剧情难度显著提升，建议在达到相应驾照等级后挑战。这些章节会解锁历史的迷雾战神之子等隐藏任务线，补充关于上古文明海格拉的设定。最终章直面外星巨舰的威胁，剧情结局存在多分支，但不影响后续开放世界玩法。完成全部主线约需60小时，其中包含大量强制性的舰队战与星门跃迁操作。
剧情章节的奖励包括T1至T2级舰船蓝图、稀有植入体和加密星图数据，部分装备为限定产出。建议优先完成主线再专注PVP或军团战争，因为章节进度会解锁关键科技树节点。若卡关可借助星系扫描任务积累资源，或调整舰长技能搭配。整体叙事采用碎片化手法，重要线索分散在对话、加密邮件和星系遗迹中，需主动探索才能完全理解背景设定。
