在影之刃3中开启极密卷宗玩法的首要步骤是获取卷宗道具，这主要通过挑战游戏内的高难度副本来实现。玩家需要推进主线剧情至第七幕序章并在第七幕序章、第八幕、第九幕、第十幕主线的湮灭难度下进行挑战。除了主线关卡，昼夜空间、暗影魔踪以及虚空裂缝的裂隙深层等日常玩法副本的湮灭难度，在通关后也有概率随机掉落极密卷宗。这意味着开启该玩法的前置条件是具备挑战并通关这些高难度副本的能力，因此建议玩家先提升角色实力与装备水平。
成功获得极密卷宗后，开启挑战的具体操作是前往游戏大地图中的新地点京城商会。在该地点找到名为寻宝人阿琦亚的NPC并与之对话，即可使用已获得的卷宗开启对应的挑战副本。玩家在此可以选择单人挑战或发起组队挑战，若暂时没有卷宗，也可以选择加入其他玩家创建的队伍参与挑战，但通过这种方式每周可获得的奖励次数有限制。开启挑战后，副本的怪物强度和具体内容将由卷宗本身决定。
极密卷宗本身拥有复杂的品质与难度系统，直接影响挑战的收益。卷宗品质由高至低分为传说、极品、绝品、上品和普通，分别对应橙色、金色、紫色、蓝色和白色。卷宗还拥有独立的难度等级，分为湮灭、逆天、困难和普通，难度越高，通关后获得的奖励通常也越丰厚。玩家在开启挑战前，可以使用古商币对卷宗进行重铸，重铸会随机刷新该卷宗的全部属性词条，从而改变副本的怪物强度、掉落类型等，这是一种调整最终挑战难度以匹配自身队伍实力的重要手段。
为了更高效地利用极密卷宗并获取最大收益，玩家需要掌握一些进阶玩法策略。组队挑战是核心策略之一，因为在该模式下仅会消耗队长的卷宗，其余队员可以共享挑战机会并获得奖励，因此与朋友轮流担任队长或进行互刷可以显著节省个人卷宗消耗。游戏内还存在星图与笔记系统，解锁星图可以增加用于给笔记加点的古卷残记，而对特定品质的笔记进行加点，则能在开启挑战时将对应品质卷宗的难度提升一个等级，例如将逆天难度提升至湮灭，这是获取顶级奖励的关键。一种名为鸿鸾彩券的特殊卷宗会掉落蛇纹徽记和鸿鸾锁等珍贵资源，用于兑换传说武器和高级淬炼材料。
