特技（秘传技能）是推进剧情和解锁新区域的关键要素，主要通过特定NPC教学或剧情奖励获取。游戏内共有8种秘传技能，包括居合斩、闪光、冲浪术、怪力术、碎岩术、攀瀑术、潜水术和飞空术，每种技能的获取方式与剧情进度紧密相关。
居合斩作为首个可获得的秘传技能，需在枯叶市的圣安奴号游轮剧情中获取。完成船上训练家对战并进入船长室后，帮助晕船的船长按摩背部即可获得HM01。该技能主要用于清除挡路的小树，是通往枯叶市道馆的必备技能。闪光技能则需在月见山剧情后，前往11号道路的地鼠洞穴入口处，与研究所助手对话达成10种图鉴收录条件后取得HM05，用于照亮岩山隧道等黑暗区域。
冲浪术和怪力术的获取涉及中期剧情。冲浪术需在库林岛完成道馆挑战后，通过玛莎奇事件前往1岛温泉，与老人对话获得HM03。怪力术则需在浅红市野生原野区找到金牙，将其交还给园长后取得HM04，用于移动地图上的巨石障碍。碎岩术同样在1岛剧情线中获取，需用冲浪术抵达温泉小岛尽头，与特定NPC对话后获得HM06，该技能可破坏岩石地形。
后期技能如攀瀑术和潜水术需通关后才能学习。攀瀑术HM07位于冠军之路深处，潜水术HM08则需在通关后于7岛水系道馆获取。飞空术HM02作为重要移动技能，需在玉虹市大厦顶楼击败火箭队干部后获得。所有秘传技能均需让宝可梦学习后才能使用，且部分技能需要对应徽章才可在地图外生效。
部分秘传技能的教学NPC位置隐蔽。如碎岩术教学者位于1岛温泉区域最深处，需完全探索小岛才能发现；怪力术的金牙藏在野生原野区中央区域的喷水池中。建议玩家在推进主线剧情时，对每个新区域进行彻底探索，避免遗漏关键教学事件。技能机器的使用次数无限，但每只宝可梦同时只能记住4个技能，需合理规划技能搭配。
