基地对接是资源获取和战略布局的核心操作之一，但这一过程并非毫无风险。对接后资源采集权将完全归属对接方，盟友无法共享该资源点的采集权限，可能导致联盟内部资源分配矛盾。若对接高等级资源带后未合理规划使用效率，反而会造成资源浪费。对接操作需消耗工程舰和时间成本，若在敌对势力活跃区域进行，可能因防御薄弱导致前哨站被摧毁。
迁移基地至对接点时需满足前哨站5级以上的条件，但迁移后原基地区域会暴露给其他玩家，可能成为敌对势力的攻击目标。部分玩家会选择主动摧毁低等级基地以触发随机重生机制，但这种操作存在不确定性，可能重生至资源匮乏或敌对密集区域。若未提前评估目标星系资源分布和势力关系，盲目迁移可能导致发展受阻。迁移冷却时间长达240小时，期间无法调整位置，进一步增加了战略僵化的风险。
对接过程中若遭遇服务器延迟或指令错误，可能导致工程舰卡死或资源对接失效。部分特殊建筑对接需要主基地迁移才能触发效果，但迁移后临时蓝图会消失，需重新研发技术。舰队在曲速航行状态下增援对接工程舰会强制降为普通航行速度，大幅延长操作时间并增加被拦截概率。工程舰数量不足时，建造效率低下可能错过资源争夺的最佳时机。
防御层面的风险主要体现为对接完成后形成的建筑计划范围并非绝对安全区。虽然敌对舰队无法在此区域内采集，但仍可发动军事打击。若未同步部署防御设施，高价值对接点容易成为掠夺目标。维修设施提供的10%维修速度加成难以应对高强度连续攻击，一旦对接点失守，已投入的建造资源和时间成本将完全损失。建议在对接操作前优先升级护盾科技，并保持至少两支护航舰队待命。
长期战略风险在于对接选择会直接影响后期发展路径。金属带对接适合初期但中后期可能面临晶体短缺，而过早对接重氢带会导致金属产能不足。每个星系周期结束后，部分对接效果不会继承至新星系，需重新投入建设成本。玩家需根据当前科技树进度和舰队配置动态调整对接策略，过度依赖单一资源类型对接将限制战术灵活性。定期扫描星系资源分布并保留应急迁移方案是降低风险的有效手段。
