火红版口袋妖怪的八个道馆分别位于尼比市、华蓝市、枯叶市、彩虹市、金黄市、浅红市、红莲岛以及道吉市。这些道馆按照剧情推进顺序分布在整个关都地区，每个道馆对应不同的属性类型，挑战难度随进度逐步提升。道馆馆主使用的宝可梦属性与所在城市的环境特征高度关联，例如沿海城市华蓝市以水系道馆为主，工业城市枯叶市则设立电系道馆。
尼比市岩石道馆作为首个挑战目标，位于真新镇北部的常磐森林附近，馆主小刚使用小拳石与大岩蛇。华蓝市水系道馆需穿越月见山后抵达，馆主小霞的宝石海星是初期难点。枯叶市电系道馆需要解决机关谜题才能见到馆主马志士，其雷丘的高速攻击需要提前防范。彩虹市草系道馆隐藏在城市建筑群中，馆主莉佳的霸王花具备强力粉末技能。
金黄市超能力道馆采用传送带机关，馆主娜姿的胡地拥有极高特攻。浅红市毒系道馆位于野生原野区附近，馆主阿桔的臭臭泥需注意毒属性持续伤害。红莲岛火系道馆需通过钥匙解锁，馆主夏伯的鸭嘴火龙火系技能威力惊人。最终的道吉市地面系道馆由馆主坂木坐镇，其铁甲暴龙的地震技能对后期队伍构成严峻考验。
道馆挑战需结合属性克制制定战术，岩石道馆推荐水系或草系宝可梦，电系道馆适合地面系抵抗。每个道馆胜利后获得的徽章不仅能提升宝可梦能力，还用于解锁冲浪、闪光等秘传技能的使用权限。部分道馆如彩虹市和金黄市需先完成火箭队支线任务才能进入。
道馆位置设计体现地域特色，红莲岛道馆需乘船抵达，浅红道馆毗邻狩猎区体现生态主题。后期道馆的机关复杂度显著增加，如金黄市传送带和彩虹市旋转地板。全部八个道馆的挑战是通往冠军之路的必要条件，需合理规划队伍属性和技能搭配以应对不同馆主的战术特点。
